1、是否是自然存在的。
非转基因是自然界存在的，是自然选择出来的个体。而转基因作物通过生物技术，将某个（或几个）基因从生物体中分离出来，之后植入另一种生物体内，从而培育出的具有新性状的生物。
转基因食物短期食用对人体没有太大伤害，但如果长期食用可能会造成基因突变等不可预估的伤害与疾病。
2、产量
非转基因的产量低，而转基因食品的常量要高于非转基因的产量。
3、成长周期
非转基因的植物生长周期是不变的，必须要在一定的时间内才能成熟，而转基因的植物缩短作物开发的时间；摆脱四季供应；打破物种界限加快成熟。
转基因食品的危害：
1、改变环境
转基因食品在种植、生长过程中，与非转基因作物还是有很多区别的，对土壤和周边的生态环境会造成一定的影响，且这种影响也不一定是正面的。
2、害虫升级
转基因食品本身就还有灭杀害虫的基因，但是害虫可以依靠淘汰、进化，对这种特征产生更高的抵御性，造成农药也无法灭杀的可能。
3、减少非转基因作物
转基因作物便宜、好种、产量大，因此，许多农户都乐于种植换基因作物，像传统的非转基因大豆产地东北，本地大豆逐年减少种植，取而代之的是转基因大豆，这种情况很有可能造成非转基因作物种子的停产和灭绝。
4、心理恐慌
即使转基因食品不存在任何生理性的危害，但是正常人在选择食品时，任然倾向于选择非转基因的，所以，长期食用转基因食品，并且自己也知情的话，会造成一定的心理负担，产生心理性疾病。
